Почему бы просто не вызвать скрипт Autoit / Autohotkey из вашей программы на C # с помощью класса System.Diagnostics.Process?
ProcessStartInfo psi = new ProcessStartInfo("your_script.ahk");
psi.CreateNoWindow = true;
Process procScript = Process.Start(psi);
procScript.WaitForExit();
Обратите внимание на CreateNoWindow = true, чтобы убедиться, что он работает скрытно, и WaitForExit (), чтобы заставить ваш код ожидать возврата процесса.
AutoIt и AutoHotkey имеют несколько очень мощных команд автоматизации, которые были усовершенствованы за эти годы. Очень трудно воспроизвести аналогичную функциональность C # / .NET, которая столь же надежна, поверьте мне, я пробовал.