Вы можете создать новый вид магазина, перейдя на System -> Manage Stores. Однако вам нужно будет создать новый Store Name, чтобы иметь возможность назначать другую категорию верхнего уровня.
Либо создайте свой другой Store View и добавьте новую категорию к существующей структуре, установив Is Active в No в Manage Categories. Затем выберите новый Store View из раскрывающегося списка в левом верхнем углу на странице категории, выберите новый вид и измените Is Active на Yes только для этого вида.
Это дает вам достаточно того, что вам нужно?
Помните, что различным взглядам и именам может быть присвоена одна и та же тема.