Вам, вероятно, нужно будет сказать больше, но я рискну предположить, что это веб-приложение. Если это так, то, скорее всего, в нем содержатся информационные файлы с сеансовым ключом. Веб-инфраструктуры (такие как Catalyst или Apache::ASP) часто делают это автоматически, назначая идентификаторы сеанса и предоставляя идентификаторы в виде файлов cookie для клиента. Это позволяет приложению охватывать информацию сеансом пользователя, а не одним запросом. Это может произойти, даже если в информации о сеансе пользователя ничего не хранится. Часто хранилище информации о сеансе по умолчанию осуществляется через каталог, часто иерархически организованный по первым нескольким символам идентификатора сеанса, чтобы избежать большого плоского каталога, влияющего на производительность.
Вы должны быть в состоянии очистить его безопасно, если эти файлы сеанса не содержат полезной информации. Если, например, приложение включает корзину покупок, все содержимое будет потеряно. Многое также будет зависеть от времени окончания сессии. Если они истекают через час или около того, это менее важно, чем если время истечения составляет год или около того. Так что, не зная больше о приложении, трудно дать однозначный ответ.