Мое личное мнение, что делать это в начальной загрузке немного лучше. Один пример сценария - если у вас есть настраиваемый плагин - вы можете вызвать конструктор с некоторыми вариантами выбора (которые могут быть объектами - с application.ini вы не сможете это сделать).
Но, как я уже сказал, это только мои предпочтения, я тоже хотел бы знать, есть ли лучшие практики, так что +1 за вопрос:)