Да, рабочим каталогом по умолчанию для вашей запущенной JVM является корневой каталог проекта. Вы можете изменить это в конфигурации запуска.
Однако путь к классам отличается. По умолчанию используется путь сборки проекта (например, включает все файлы JAR). Обычно это не корневой каталог проекта, а что-то вроде «bin», «build» или «src» (или где бы вы не компилировали свои классы) Это также можно изменить в конфигурации запуска.