В Silverlight я могу написать определение XAML и логику скрипта в разных файлах, и это очень удобно, есть ли способ сделать то же самое во Flex?
Вы можете попробовать использовать технику кода: http://www.adobe.com/devnet/flex/quickstart/building_components_using_code_behind/
Вы имеете в виду тег Script? Это просто:
Script
<mx:Script source="myactions.as" />
Помимо методов, описанных другими авторами, здесь есть и более продвинутые, которые касаются не того, в каком файле хранится код, а того, как организовать соавторов и логику ваших представлений. Шаблон Presentation Model очень хорошо работает во Flex, но есть и другие. Я рекомендую прочитать Пол Уилламс, введение в шаблоны презентаций .