Если вы можете (зависит от того, где исполняются ваши php-файлы), вы можете изменить max_execution_time на более продолжительный.
Теперь, что бы я сделал вместо этого (все же, если у вас есть права),это сделать в командной строке, вызываемой из файлов php.Командная строка записывает результаты в конкретный файл, и все, что вам нужно сделать, это проверить содержимое этого файла.
Как только результат записан (скажите «0» для успеха, как всегда в linux), вы можете делать то, что вы хотите.
На внешнем интерфейсе немного ajax, чтобы получить состояние загрузки тоже может быть полезным!
Но, как всегда, это зависит от того, можете ли вызапустить команды оболочки.