Лично я считаю эту рекомендацию слишком осторожной. Мы используем функцию автоматического обновления Hibernate уже много лет как в производстве, так и в разработке, и у нас никогда не было проблем с ней (и да, мы обслуживаем множество крупных систем и известных брендов).
Очевидно, что вы должны протестировать свое приложение, чтобы убедиться, что Hibernate работает правильно при переходе с одной версии на другую, но то же самое относится и к любому другому аспекту программного обеспечения.
Вы также должны знать, что может делать автообновление (например, создавать новые таблицы, добавлять новые индексы) и что оно не может (например, удалять таблицы, удалять ограничения). Пропущенные биты можно легко реализовать с помощью необработанного JDBC, опять же, не без тестирования.