Я посмотрел страницу руководства для javac , и кажется, что вам придется прописать исходные файлы в командной строке, или вам придется перечислить их в отдельном файле, и ссылка на этот файл в командной строке.
Я установил первые два исходных файла в вашем вопросе в похожее дерево и скомпилировал их следующим образом:
C:\>"\Program Files\Java\jdk1.6.0_24\bin\javac.exe" company\isu\project\module\HelloJava.java company\isu\project\module\ByeBye.java
Используя другой метод, я создал этот файл:
C:\>type sourcefiles.txt
company\isu\project\module\HelloJava.java
company\isu\project\module\ByeBye.java
Затем я передал этот файл компилятору javac, добавив в руководство спецификатор "@".
C:\>"\Program Files\Java\jdk1.6.0_24\bin\javac.exe" @sourcefiles.txt
Страница справочника по jar , похоже, не дает тех же приемов, поэтому я указал файлы в командной строке, как и раньше.
C:\>"\Program Files\Java\jdk1.6.0_24\bin\jar.exe" -cf myjar.jar company\isu\project\module\HelloJava.class company\isu\project\module\ByeBye.class
Конечно, делать это несколько утомительно, поэтому я настоятельно рекомендую Ant , который можно запустить в Windows.