Нет. Autoconf опирается на оболочку Unix и связанные утилиты. Это может быть взломано для создания JAM-файлов, но шаг настройки - autotools. Если у вас просто простой make-файл, вы можете просто использовать mingw32-make и полностью отключить автоинструменты, если это возможно.