Используйте ProcessBuilder и предоставьте необходимые аргументы его конструктору:
ProcessBuilder builder = new ProcessBuilder("C:\\path\\to\\notepad.exe", "-w");
Первым аргументом всегда является приложение, любые другие аргументы (если есть) будут аргументамидобавьте в приложение.
Затем вы можете вызвать метод start()
, чтобы запустить его и вернуть объект процесса, если хотите.