Сначала найдите URL вашего репо:
$ cd your-project
$ git remote -v
origin git@github.com:belden/foo.git (fetch)
origin git@github.com:belden/foo.git (push)
клонировать вашу вики; его URL - это URL вашего проекта, оканчивающийся на «wiki.git»:
$ cd /tmp
$ git clone git@github.com:belden/foo.wiki.git foo-wiki
Cloning into 'foo-wiki'...
remote: Counting objects: 375, done.
remote: Compressing objects: 100% (159/159), done.
remote: Total 375 (delta 214), reused 375 (delta 214)
Receiving objects: 100% (375/375), 78.41 KiB, done.
Resolving deltas: 100% (214/214), done.
Теперь просто обработайте его как обычный проект, из которого вы хотите удалить файлы:
$ cd foo-wiki
$ git rm *.md
$ git commit -am "remove wiki pages"
$ git push
И все готово.