Не уверен, возможно ли это таким образом, однако я слышал о людях, использующих Ant внутри Flex Builder для создания своих проектов (что означает, что вы можете запускать любые скрипты, какие захотите, в любое время в процессе сборки), но это занимает немного больше работы по настройке. После настройки достаточно нажать «Run Ant Build» вместо «Run», поэтому никаких проблем нет.
Случайная страница, которую я нашел полезной: Учебник по Ant в Flex