Это типичный вид файловой структуры, созданной плагином Google для Eclipse:
Guestbook/ src/ guestbook/ META-INF/ log4j.properties logging.properties war/ WEB-INF/
В чем разница между log4j.properties и logging.properties здесь?
После того, как все начали использовать Log4J, Sun решила, что должна включить в JDK свою собственную несовместимую инфраструктуру ведения журналов. Это называется java.util.logging и настраивается logging.properties. Так что теперь у вас есть два, и в зависимости от кода они могут использовать один или другой.