Лучше всего экспортировать данные о товарах и категориях (экспорт товаров осуществляется в базовой установке Magento, экспорт категорий доступен с помощью стороннего модуля - santosh?), А затем импортировать эти данные во вторую установку.Это позволит найти все, что нужно, со всеми данными, индексами и т. Д.