IntelliJ 2016.x теперь хранит эту информацию в своем собственном файле.
На моем MacBook Pro с OSX:
~/Library/Preferences/IntelliJIdea2016.2/options/recentProjects.xml
Если IntelliJ зависает при запуске, принудительно выйдите из приложения, а затем переименуйте этот файл в что-то вроде «RecentProjects.xml.bak.»
После перезагрузки вы получите экран настроек для создания или открытия проекта.
Примечание: фактический путь может отличаться в зависимости от того, какую версию IntelliJ вы установили, например.
IntelliJIdea2016.1/ IntelliJIdea2016.2/ IntelliJIdea2016.3/