Вы можете довольно легко привязать конфигурацию Fluent NHibernate к конфигурации вашего приложения, вместо того, чтобы конфигурировать непосредственно в коде; это позволило бы вам заменить ваши конфигурационные файлы в зависимости от вашей среды.
Fluently.Configure()
.Database(
SQLiteConfig.Standard
.ConnnectionString(c => c.FromAppSetting("your-key")))
.Mappings(/* mappings */)
.BuildSessionFactory();