В поисках причины я нашел это на autoitscript.com :
[Приложение] просто наследует любой рабочий каталог Проводника
Это согласуется с моими собственными наблюдениями, например, с программируемыми клавишами на клавиатурах.
Я работаю, сбрасывая рабочий каталог. В C # вы можете сделать это так:
System.Environment.CurrentDirectory = System.IO.Path.GetDirectoryName(System.Reflection.Assembly.GetExecutingAssembly().Location);
Это также необходимо сделать при запуске моно-приложения в Linux без использования командной строки.