Вы используете Joomla 1.6?Если это так, вам может понадобиться «открыть» свой новый шаблон.
Это можно сделать, перейдя на Extensions -> Extension Manager
и нажав вкладку Discover
вверху.Сделайте обновление и проверьте, появляется ли ваш новый шаблон.Если это так, то у вас также есть возможность установить его отсюда, и тогда он должен появиться в диспетчере шаблонов.