Вы должны были бы кэшировать все экземпляры CodeMirror в массиве, а затем циклически проходить по этому массиву save()
для каждого экземпляра.
var CMInstances = [instance1, instance2, ..., instanceN];
for (instance in CMInstances) {
instance.save();
}
Я бы предположил, что в какой-то момент в вашем скриптевы настраиваете свои экземпляры CodeMirror, так что эта точка была бы идеальной для их кэширования.