Я думаю, это зависит от того, какую разработку ActionScript вы делаете. AsUnit имеет более широкий набор поддерживаемых версий.
FlexUnit выглядит так, как будто имеет лучшую поддержку через Adobe. Если вы сосредоточены на разработке Flex (или строго AS3), я бы, вероятно, пошел с FlexUnit.