Я сделал это, установив x: Shared = "False" в самом пункте меню. Ресурсы распределяются между каждым местом, которое использует их по умолчанию (имеется в виду один экземпляр для всех применений), поэтому отключение этого означает, что каждый раз создается новая «копия» ресурса.
Итак:
<MenuItem x:Key="myMenuItem" x:Shared="False" />
Вы все равно получите «копию», но вам нужно определить ее только в одном месте. Посмотрите, поможет ли это. Вы используете это в своем определении меню:
<StaticResource ResourceKey="myMenuItem" />