Если вы используете Xcode 4.2 (я не помню точную версию, на которой была сделана поддержка iOS 3 по требованию), вам нужно перейти на
Xcode -> Preferences -> Downloads
и установите поддержку для нужных вам устройств (3.0 - 3.2.2 и 4.0 - 4.1 отображаются на моем).
После того, как вы это сделаете, просто выберите цель развертывания 3.1.3 (или ниже), и все готово.