Если ваши теги класса section не содержат элементов одного типа (например, у вас нет промежутков, содержащих промежутки), вы можете сделать это довольно легко с помощью регулярного выражения.
Самое простое:
$stripped = preg_replace('@<span class="section">.*?</span>@', '', $input);
Это, если вам нужно, позволяет использовать любой тег, любые другие атрибуты и любые другие классы:
$stripped = preg_replace('@<(\w+)[^>]*class="[^"]*section[^"]*"[^>]*>.*?</\1>@', '', $input);