Вы не можете, по сути, ускорить сам процесс изменения размера изображения. Модуль использует GD или ImageMagick, которые являются основными расширениями php и работают так быстро, как могут. Единственные накладные расходы - это обычная кохана. Если вы хотите ускорить процесс, вы должны найти способ ускорить саму Kohana, например Gearman, как заметил @ThePixelDeveloper.
Если вы не можете уменьшить нагрузку достаточно, вы можете обойти эту проблему, чтобы ограничить количество обрабатываемых снимков за один раз. В следующий раз, когда скрипт будет запущен (через cronjob или если у вас нет доступа к crontab cron бедняков), просто проверьте, какие картинки еще не обработаны, и сделайте несколько.