Для кодирования строки с использованием открытого ключа:
#!/usr/bin/env python
from M2Crypto import RSA, X509
x509 = X509.load_cert("recipient_cert.pem")
rsa = x509.get_pubkey().get_rsa()
print rsa.public_encrypt("your string to encrypt", RSA.pkcs1_oaep_padding)