Сверху моей головы вы можете просто преобразовать Document
в Stream
и использовать Unmarshaller
для преобразования в JAXB
необходимый вам экземпляр.
Что-то вроде:
MyJAXB o = (MyJAXB)unmarshaller.unmarshall(new StringReader(arrayoutsream.tostring()));
Отказ от ответственности : Даже не удосужились посмотреть, компилируется ли это, но вы должны понять, как к этому подойти