Отладка OpenMPI с Valgrind и подавления в OS X - PullRequest
Новая
       34

Отладка OpenMPI с Valgrind и подавления в OS X

0 голосов
/ 15 августа 2011

Я пишу параллельный код на C ++ на моем ноутбуке с OS X (Snow Leopard) и пытаюсь отладить его с помощью memchecker. Я успешно построил OpenMPI с поддержкой valgrind с: configure --prefix=/opt/openmpi-1.4.3/ --enable-debug --enable-memchecker --with-valgrind=/opt/valgrind-3.6.0/ FFLAGS=-m64 F90FLAGS=-m64 (игнорировать флаги Fortran, это из-за моего компилятора Fortran из GCC).

Когда я запускаю свое приложение с

mpirun -np 2 valgrind --suppressions = / opt / openmpi-1.4.3 / share / openmpi / openmpi-valgrind.supp --leak-check = yes --dsymutil = yes ./program

Я получаю множество предупреждений от Вальгринда (большинство из них в конце кучи). Я включил небольшой фрагмент предупреждений ниже. Что я получил от них, так это то, что Valgrind обнаруживает утечки памяти и неинициализированные значения в библиотеке MPI, но меня это не особо интересует. Я хочу предупреждения из кода, который я пишу. Я уже запускаю Valgrind с файлом подавления, предоставленным OpenMPI, но, очевидно, этого недостаточно. Как я могу легко игнорировать все другие предупреждения, обнаруженные в дистрибутиве OpenMPI? Можно ли найти файл подавления для отладки OpenMPI с Valgrind на OS X, или вы знаете какой-нибудь хитрый трюк?

Первое предупреждение 

 ==1531==    Syscall param writev(vector[...]) points to uninitialised byte(s)
 ==1531==    at 0x1014E16E2: writev (in /usr/lib/libSystem.B.dylib)
 ==1531==    by 0x101AEA4C5: mca_oob_tcp_peer_send (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/openmpi/mca_oob_tcp.so)
 ==1531==    by 0x101AF0B88: mca_oob_tcp_send_nb (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/openmpi/mca_oob_tcp.so)
 ==1531==    by 0x101AC7F48: orte_rml_oob_send (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/openmpi/mca_rml_oob.so)
 ==1531==    by 0x101AC8AA1: orte_rml_oob_send_buffer (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/openmpi/mca_rml_oob.so)
 ==1531==    by 0x101B3489E: allgather (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/openmpi/mca_grpcomm_bad.so) 
 ==1531==    by 0x101B3525D: modex (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/openmpi/mca_grpcomm_bad.so)
 ==1531==    by 0x1000A48E6: ompi_mpi_init (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/libmpi.0.dylib)
 ==1531==    by 0x1000F7806: MPI_Init (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/libmpi.0.dylib)
 ==1531==    by 0x100001AF2: main (main.cpp:34)
 ==1531==  Address 0x101a8911b is 107 bytes inside a block of size 256 alloc'd
 ==1531==    at 0x10002DB2D: realloc (vg_replace_malloc.c:525)
 ==1531==    by 0x1012240B6: opal_dss_buffer_extend (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/libopen- pal.0.dylib)
 ==1531==    by 0x101225CF7: opal_dss_copy_payload (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/libopen-pal.0.dylib)
 ==1531==    by 0x101B347CA: allgather (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/openmpi/mca_grpcomm_bad.so)
 ==1531==    by 0x101B3525D: modex (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/openmpi/mca_grpcomm_bad.so)
 ==1531==    by 0x1000A48E6: ompi_mpi_init (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/libmpi.0.dylib)
 ==1531==    by 0x1000F7806: MPI_Init (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/libmpi.0.dylib)
 ==1531==    by 0x100001AF2: main (main.cpp:34)

После выполнения небольшой фрагмент резюме кучи выглядит следующим образом 

 ==1531== 88 bytes in 1 blocks are definitely lost in loss record 1,950 of 2,194
 ==1531==    at 0x10002D915: malloc (vg_replace_malloc.c:236)
 ==1531==    by 0x100073888: opal_obj_new (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/libmpi.0.dylib)
 ==1531==    by 0x100073808: opal_obj_new_debug (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/libmpi.0.dylib)
 ==1531==    by 0x100073C17: ompi_attr_create_keyval_impl (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/libmpi.0.dylib)
 ==1531==    by 0x100073FCF: ompi_attr_create_keyval (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/libmpi.0.dylib)
 ==1531==    by 0x100077C96: create_comm (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/libmpi.0.dylib)
 ==1531==    by 0x10007798A: ompi_attr_create_predefined (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/libmpi.0.dylib)
 ==1531==    by 0x1000737CF: ompi_attr_init (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/libmpi.0.dylib)
 ==1531==    by 0x1000A4840: ompi_mpi_init (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/libmpi.0.dylib)
 ==1531==    by 0x1000F7806: MPI_Init (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/libmpi.0.dylib)
 ==1531==    by 0x100001AF2: main (main.cpp:34)

... 

 ==1531== 88 bytes in 1 blocks are definitely lost in loss record 1,952 of 2,194
 ==1531==    at 0x10002D915: malloc (vg_replace_malloc.c:236)
 ==1531==    by 0x100073888: opal_obj_new (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/libmpi.0.dylib)
 ==1531==    by 0x100073808: opal_obj_new_debug (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/libmpi.0.dylib)
 ==1531==    by 0x100073C17: ompi_attr_create_keyval_impl (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/libmpi.0.dylib)
 ==1531==    by 0x100073FCF: ompi_attr_create_keyval (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/libmpi.0.dylib)
 ==1531==    by 0x10014CEC5: PMPI_Keyval_create (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/libmpi.0.dylib)
 ==1531==    by 0x1065ACFE6: ???
 ==1531==    by 0x10658867B: ???
 ==1531==    by 0x10017A591: module_init (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/libmpi.0.dylib)
 ==1531==    by 0x100179985: mca_io_base_file_select (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/libmpi.0.dylib)
 ==1531==    by 0x100089D55: ompi_file_open (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/libmpi.0.dylib)
 ==1531==    by 0x1000E1ED1: MPI_File_open (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/libmpi.0.dylib)
 ==1531== 
 ==1531== 88 bytes in 1 blocks are definitely lost in loss record 1,953 of 2,194
 ==1531==    at 0x10002D915: malloc (vg_replace_malloc.c:236)
 ==1531==    by 0x100073888: opal_obj_new (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/libmpi.0.dylib)
 ==1531==    by 0x100073808: opal_obj_new_debug (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/libmpi.0.dylib)
 ==1531==    by 0x100073C17: ompi_attr_create_keyval_impl (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/libmpi.0.dylib)
 ==1531==    by 0x100073FCF: ompi_attr_create_keyval (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/libmpi.0.dylib)
 ==1531==    by 0x10014CEC5: PMPI_Keyval_create (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/libmpi.0.dylib)
 ==1531==    by 0x1065A6210: ???
 ==1531==    by 0x106597149: ???
 ==1531==    by 0x106596AAB: ???
 ==1531==    by 0x1065AD14C: ???
 ==1531==    by 0x10658867B: ???
 ==1531==    by 0x10017A591: module_init (in /opt/openmpi-1.4.3/lib/libmpi.0.dylib)

Ответы [ 2 ]

2 голосов
/ 16 августа 2011

Я не могу говорить о поведении Open MPI под Valgrind, но MPICH2 должен быть лучше об этом. Если вам не нужен Open MPI в качестве реализации MPI, тогда вы можете легко настроить MPICH2, чтобы избежать проблем с Valgrind .

1 голос
/ 08 октября 2012

Вы можете сами добавлять дополнительные подавления для valgrind. Они позаботятся о первом наборе предупреждений, которые вы отправили: 

{
  ORTE OOB suppression rule
  Memcheck:Param
  writev(vector[...])
  fun:writev
  fun:mca_oob_tcp_msg_send_handler
  fun:mca_oob_tcp_peer_send
  fun:mca_oob_tcp_send_nb
  fun:orte_rml_oob_send
  fun:orte_rml_oob_send_buffer
  ...
  fun:ompi_mpi_init
}

{
  OMPI init leak
  Memcheck:Leak
  fun:malloc
  ...
  fun:ompi_mpi_init
}

{
  OMPI init leak
  Memcheck:Leak
  fun:realloc
  ...
  fun:ompi_mpi_init
}

{
  OMPI init leak
  Memcheck:Leak
  fun:calloc
  ...
  fun:ompi_mpi_init
}
...