Частота Найквиста с частотой дискретизации 1 кГц составляет всего 500 Гц. Я не удивлен, все это звучало ужасно. Предположим, у вас была частота дискретизации 1 кГц, и вы воспроизводили звук с частотой 500 Гц. Ваш вывод будет прямоугольной волной. - + - + - + между ними ничего нет, так как у вас недостаточно образцов. По мере приближения к частоте Найквиста способность к воспроизведению этой волны падает. Это слышно на таких низких частотах.
В любом случае, заставить вашу звуковую карту работать с такой низкой частотой дискретизации маловероятно. Гораздо более вероятно, что программный драйвер выполняет повторную выборку для вас, и кто знает, какие артефакты возникают в результате.
Попробуйте сделать что-то более разумное, как минимум 11.025 Гц. Это 44,1 кГц (частота дискретизации «CD»), деленная на 4, что поддерживается многими звуковыми картами напрямую. Почти все карты должны работать на 22,05 кГц.