Я обычно использую maven, потому что у вас может быть хранилище для jar-файлов и зависимостей, это облегчает жизнь, но, поскольку вы уже реорганизовали свой код для использования ANT, возможно, это не то, что вам нужно, использовать subversion с netbeans, тогда вы можете захотеть добавить еще одну папку для jar-файлов, таких как libs или что-то еще, а затем еще одну для бинарных файлов, таких как audio и т. д. Также проверьте плагин svn для netbeans, он добавит ignore в dir и просто обновит java-файлы.
Чтобы добавить файлы для игнорирования, вы можете использовать
svn propset svn:ignore -F .
или вы можете найти файл конфигурации в вашем домашнем каталоге и добавить что-то вроде этого
global-ignores=*.classs
Надеюсь, это поможет