Найдите свой файл задачи cucumber (cucumber.rake) и напишите в rcov_opts, какие файлы вы хотите исключить. Например:
Cucumber::Rake::Task.new({:ok => ['coverage_setup', 'db:test:prepare']}, 'Run features that should pass') do |t|
t.binary = vendored_cucumber_bin
t.fork = true
t.profile = 'default'
t.rcov = true
t.rcov_opts = %w{--rails --aggregate coverage.data --exclude osx\/objc,gems\/,spec\/,\.bundler\/,features\/}
end