Как правило, вы можете указать несколько параметров фильтра в файле .moles (исключение составляет mscorlib, как вы обнаружили, и упомянул Майк). Например, вы можете полностью отключить генерацию заглушки или моля с элементами StubGeneration или MoleGeneration соответственно. Для большего контроля вы также можете использовать элемент Types с комбинацией элементов Add, Remove и Clear.
Справочное руководство по Moles подробно описывает фильтрацию типов заглушек на страницах 12 и 13. К сожалению, в нем не упоминается фильтрация типов Mole, но процесс в основном такой же.