Вот начало использования пакета raster. Я не знаю, успею ли я поработать над методом кросс-корреляции, использованным в версии вопроса Mathematica, но локальное стандартное отклонение на красных частях изображения, кажется, обнаруживает Уолдо в этом случае ...
library(raster)
waldo = stack("/Users/Benjamin/Desktop/DepartmentStore.jpg")
r = waldo[[1]] - waldo[[2]] - waldo[[3]]
r[is.na(r)] = 0
r_mask = Which(r > 0)
r_masked = r * r_mask
focalsd = focal(r_masked, w=3, fun=sd)
plot(focalsd)