После изменения configure.ac может потребоваться перезапустить autoconf, чтобы создать новый сценарий configure. Без этого вы все еще запускаете оригинальный сценарий configure, который поставляется с исходной загрузкой, поэтому изменения, внесенные вами в configure.ac, не будут иметь никакого эффекта.