Было бы полезно, если бы вы могли показать конкретные примеры - прямо сейчас, это все очень гипотетически.Однако:
Если вы можете объединить операции в один запрос, это самый быстрый вариант.Например:
insert into tableA
select x, y, z
from tableB
where Foo = Bar
Если вам нужно выполнить некоторую обработку результатов оператора select, вы можете создать хранимую процедуру для выполнения этой обработки.Это позволяет избежать обратной передачи данных обратно на ваш PHP-сервер, что должно дать выигрыш в производительности - однако вполне может быть, что PHP - лучший / более быстрый язык для выполнения обработки, чем хранимая процедура.Например, если вам нужно манипулировать текстом, я бы сделал это на PHP.