Пока невозможно запускать приложения для Android на любом дистрибутиве Linux. Но взгляните на проект Android-x86 .
В случае, если я неправильно понял ваш вопрос: если речь идет о «обычной» разработке для Android с использованием Linux, то никаких реальных проблем нет. Просто используйте вашу любимую IDE.
Возможно, вам придется прочитать это руководство , чтобы иметь возможность развертывать и отлаживать на вашем устройстве с помощью USB.