Найдите и отредактируйте файл sqlmetal.exe.config и замените параметры, чтобы не использовать ByteFX (LONG не поддерживается) и использовать MySql.Data.
Не забудьте указать полное имя сборки, в моем случае это строкавыглядит так:
provider name="MySQL" dbLinqSchemaLoader="DbLinq.MySql.MySqlSchemaLoader, System.Data.Linq, Version=3.5.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=b77a5c561934e089" databaseConnection="MySql.Data.MySqlClient.MySqlConnection, MySql.Data, Version=6.2.3.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=2f3544035097bf97"
(у меня установлен MySql Connector с этой версией и токеном)
С уважением