Без разницы - это просто расширения файла.
.pkr расширение означает «набор открытых ключей», в то время как .skr означает «набор секретных ключей», то есть набор ключей, который содержит закрытые ключи (называемые секретными).в пгп)..key может содержать что угодно, но, скорее всего, это будет один открытый или закрытый ключ.
Правильный код (я не знаю о bouncycastle) должен читать и .pkr, и .key_with_public_key одинаково (пример относится к секретному ключу).
Вам нужен секретный ключ для расшифровки данных.