В моей системе уже есть cleanup.bat в system32. Это похоже на пережиток какой-то инсталляции.
Не полагайтесь ни на путь, ни на связь с расширением файла. BAT-файл не является исполняемым, его интерпретирует cmd.exe.
Измените свой код Python на этот
import os
os.system("cmd.exe /c .\\cleanup.bat")
И запустите его, не полагаясь на сопоставление расширений файлов, например
python cleanup.py