Это не элегантное решение, но спустя месяцы это единственный способ, который я нашел.
Обычный регистр
domain.tld/dir/file.php?id=UID&qty=NUM&... (from old site structure)
переписан как
domain.tld/newfile.php?id=UID&qty=NUM&... [R=301,L]
Таким образом, для запросов типа
domain.tld/dir/file.php%3Fid%3DUID%26qty=NUM%26... (from old site structure)
я выполняю
RewriteRule ^dir/file\.php(.*)$ script.php?qs=$1 [R,L]
Это ДОЛЖНО быть ПОСЛЕ всех директив, связанных с dir / file.php
Тогда я могу обработатьСтрока запроса $ _GET ['qs'] в script.php
Может не применяться в других ситуациях, которые могут привести к зацикливанию или к нежелательным результатам.