Вам на самом деле не нужна карта.Вот пример, в котором вместо этого используется HashSet
.(Предполагая, что вы хотите, чтобы повторяющиеся строки были обнулены.
String[] strs = "aa,bb,cc,aa,xx,cc,dd".split(",");
Set<String> seen = new HashSet<String>();
for (int i = 0; i < strs.length; i++)
if (!seen.add(strs[i]))
strs[i] = null;
// Prints [aa, bb, cc, null, xx, null, dd]
System.out.println(Arrays.toString(strs));