Если вы просто хотите включить, чтобы вам не приходилось отправлять два файла, просто включите его в проект как «встроенный ресурс» (см. Параметры элемента проекта), а затем вы можете вызвать ResourceManager.GetStream и записать его в файли вызвать Process.Start.
Если вы хотите интегрировать функции этого exe-файла, чтобы он больше не требовался (без Process.Start), вам нужен исходный код ...
РЕДАКТИРОВАТЬ: «запись в файл» не требуется, если exe-файл .NET - тогда вы можете напрямую загрузить его из потока ресурсов как Assembly / AppDomin и выполнить его.