Unity не поддерживает такое поведение "из коробки". Но это не сложно реализовать.
A FileSystemWatcher может уведомлять ваше приложение о каждом добавлении новой сборки в папку плагинов. Тогда это просто вопрос соглашений, что вы делаете с этим новым файлом. Используйте Assembly.Load для загрузки вашей DLL. Затем вы можете отсканировать его для реализации вашего интерфейса
assembly.GetExportedTypes().Where(t => typeof(IMyInterface).IsAssignableFrom(t))
и затем вам нужно зарегистрировать свои реализации в контейнере.
Поскольку этот сервис является частью вашей инфраструктуры, я думаю, что можно ссылаться на ваш контейнер там, чего я бы лучше избегал.