Применение темы к контейнеру панели навигации не поддерживается, и она унаследует тему родительского контейнера панели навигации. Если вы хотите применить тему к панели навигации, вы можете указать тему данных для отдельных элементов панели навигации. Как то так
<div data-role="navbar" style="width: 80%; padding: 2% 10%;">
<ul>
<li><a href="#" class="ui-btn-active ui-corner-left" data-theme="e">One</a</li>
<li><a href="#" data-theme="e">Two</a></li>
<li><a href="#" class="ui-corner-right" data-theme="e">Three</a></li>
</ul>
</div>
Демо здесь - http://jsfiddle.net/PyyUy/
Редактировать-Ответ о том, как придать цвет при наведении
Если вы хотите задать цвет при наведении, вы можете использовать следующий CSS
.ui-navbar li a:hover{
background:red !important;
}
Обновленная скрипка - http://jsfiddle.net/PyyUy/1/