Я предлагаю использовать API, созданный специально для включения интеграции OpenGL с Java.
Мало того, что это избавит от большинства (не "всех") трудностей интеграции, это, вероятно, также значительно упростит реализацию.
Я работаю с LWJGL (Облегченная Java Game Library) для игрового проекта. Несмотря на то, что это сделано для разработки игр, основное внимание уделяется включению OpenGL, а фактическое создание игр осуществляется с помощью других наследующих API, таких как Slick2D.
Мне это очень нравится, и это значительно облегчило мою разработку OpenGL. Можешь попробовать. В противном случае существуют другие API, ориентированные на OpenGL, которые содержат еще меньше кода, не относящегося к OpenGL.