Если это повторяющаяся задача, и вам нужно загружать библиотеки каждый раз, когда вы запускаете nunit.exe, загрузите их один раз и сохраните как решение (файл .nunit).
Кроме того, если у вас есть код этих библиотек - вы можете объединить все проекты в решение, а затем открыть его с помощью nunit.
На данный момент он не может загружать несколько dll no из открытого диалога и no как параметры из командной строки.