Мне нужно зашифровать и расшифровать (используя секретный ключ) документы (а именно pdf).Есть ли какой-нибудь фрагмент в php?
Я нашел решение: http://www.codediesel.com/php/encrypting-uploaded-files-in-php/
PHP имеет модуль GnuPG , который вы можете использовать.