Ну, вы можете реализовать их как хотите.
Лично я бы использовал plists и имел nsarrays, которые могут быть внутри nsarrays.
Однако я могу придумать, как сделать это с sqlite3базы данных или даже физические файлы (хотя это может начать выходить из-под контроля)
Какие данные вы хотите хранить в этих папках?
Если бы просто строки, я бы предложил что-тов формате plist / xml
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE plist PUBLIC "-//Apple//DTD PLIST 1.0//EN" "http://www.apple.com/DTDs/PropertyList-1.0.dtd">
<plist version="1.0">
<dict>
<key>folders</key>
<array>
<string>afolder1</string>
<string>afolder2</string>
</array>
</dict>