Как мне указать тип результата запроса следующим образом:
em.createNativeQuery("SELECT u.login, s.name FROM Student s, Users u").getResultList();
createNativeQuery принимает второй параметр, который является результирующим типом класса.
http://download.oracle.com/javaee/5/api/javax/persistence/EntityManager.html#createNativeQuery(java.lang.String, java.lang.Class)