Если у вас есть логическое разделение в схеме БД, имеет смысл иметь несколько контекстов.
Также L2S не мешает вам использовать raw sql, более того, вы можете использовать контекстное соединение и использовать его методы для выполнения sql запросов.
Также вы можете сопоставить SP с L2S
Еще одна оговорка, связанная с несколькими контекстами, заключается в том, что вы не сможете легко передавать объекты между контекстами. В вашем случае я бы предпочел использовать EF с POCO (возможно, даже с новым поступившим кодом вначале), используя его, вы сможете передавать объекты из одного контекста в другой, в противном случае вам нужно будет использовать какой-то объект-to -Объектное отображение
UPD: так вы можете использовать LINQ2SQL с сырым sql:
db.ExecuteQuery<Customer>("select * from dbo.Customers where City = {0}", "London");
db.ExecuteCommand("UPDATE Products SET QuantityPerUnit = {0} WHERE ProductID = {1}", "24 boxes", 5);
прочитайте эту статью Метод DataContext.ExecuteCommand